1977
29 años duró la espera del Junior para obtener su primera estrella en el profesionalismo colombiano. Esta comenzó a gestarse el 11 de septiembre de 1975 con la llegada a Barranquilla del técnico argentino José Varacka. El ambiente no era el mejor para el “Puchero” ya que tanto hinchas como crónica deportiva, pedían a Efraín “Caimán” Sánchez.
El equipo logró entrar al hexagonal final en el que ocupó el penúltimo lugar. Para el año siguiente Varacka solicitó prescindir de los indisciplinados no importando su condición de estrellas. Se mantuvo, entre otros, a Juan Carlos Delménico y Julio Comesaña y se incorporó a Roberto Cerminatto, Juan Ramón Verón, Epifanio Medina y Omar Pellegrini.
Ese año se ganó el Apertura, pero el rendimiento del conjunto decayó para la parte final. Para el 77 salieron Medina y Pellegrini, al tiempo que llegaron César Lorea, Eduardo Solari, Camilo Aguilar, Oscar Bolaño, Carlos “Pinza” Vidal y Alfredo Arango. Otra vez Junior se coronó campeón del Apertura, con lo que obtuvo el derecho a jugar el hexagonal final. Varacka exigió a la directiva que se le firmara un nuevo contrato para le temporada siguiente. Esta no aceptó, el “Puchero” abandonó la institución y el equipo quedó a cargo de la “Bruja” Verón. Junior hizo una impecable campaña en la final y el 14 de diciembre en El Campín se consagró campeón al vencer 3-1 al Santa Fe.
1980
Después de dos años difíciles regresaron al equipo José Varacka, Juan Carlos Delménico y Gabriel Berdugo. Además se contratan a Omar Alfredo Galván, Miguel Angel Converti, Oscar Fornari y Juan Miguel Tutino. Junior ganó el Torneo Apertura y conservó un invicto de 21 fechas. Durante el Finalización el equipo reservó energías para la final.
Los tiburones lograron clasificarse al cuadrangular definitivo junto al América, Deportivo Cali y Atlético Nacional . Ante este equipo inició su ruta al título al vencerlo 2-1 en Medellín. Luego como local se impuso 2-1 al Cali y empató 1-1 con América en el Pascual Guerrero.
En la segunda vuelta venció 1-0 a los diablos rojos en el Romelio Martínez y viajó a Deportivo Cali con la necesidad de empatar para consagrarse campeón. Ese partido ante los azucareros se disputó el 17 de diciembre. Deportivo Cali se fue en ventaja con dos penas máximas convertidas por Willington Ortiz. Para el segundo tiempo Varacka replantea las cosas, le imprime garra a sus jugadores y la historia cambia. Junior es una tromba y descuenta a través de Carlos Molinares y cuando faltaban ocho minutos para el final, Gabriel Berdugo convierte el empate que paralizó a Barranquilla esa noche.
Al otro día hubo un recibimiento de héroes. La fiesta se prolongó hasta el domingo siguiente cuando Junior recibió, como en el 77, al Atlético Nacional al que derrotó 1-0. Al terminar el encuentro se cumplió un desfile por las calles de la ciudad con los jugadores a bordo de una máquina del cuerpo de bomberos.
1993
El colombo uruguayo Julio Avelino Comesaña, el mismo que en el cuadrangular final de 1992 no obtuvo ningún punto, fue ratificado en el cargo de director técnico del Junior para el año siguiente.
Llegó al equipo el astro samario Carlos “Pibe” Valderrama. También se unieron al plantel Miguel Guerrero, Alexis Mendoza, Flaminio Rivas, Eugenio Uribe y Oswaldo Mackenzie. Regresó el paraguayo Adriano Samaniego y para redondear un gran conjunto para el segundo semestre del año llegó desde Italia, Iván René Valenciano.
Junior quedó segundo tanto en el Torneo Apertura, como en el Finalización. En la disputa por el título se enfrentó al América, Atlético Nacional y Independiente Medellín. En la primera vuelta venció 3-0 en Barranquilla al “Poderoso de la Montaña” y 2-1 al Nacional. Como visitante perdió 2-1 con América. En la segunda vuelta igualó 3-3 en el Atanasio Girardot con Nacional en un partido que al finalizar el primer tiempo perdía 3-0. Tres días después en el mismo escenario enfrentó al Medellín y sobre la hora cayó 3-2.
El domingo 19 de diciembre recibió en un Metropolitano repleto al América que se fue arriba al finalizar el primer tiempo con gol de Alex Escobar. Para la complementaria, Junior igualó y se fue en ventaja con dos goles del “Niche” Guerrero, pero Wilson Pérez puso el 2-2 de pena máxima. Cuando ya Medellín daba la vuelta olímpica luego de vencer 1-0 a Nacional, y en Barranquilla se jugaba el último minuto, Mackenzie decretó el 3-2.
1995
Campeonato colombiano 1995
La Dimayor aprobó jugar en el primer semestre del año 95 un torneo de 30 fechas al que llamó Nivelación. El antioqueño Carlos “Piscis” Restrepo fue nombrado como director técnico en reemplazo de Julio Comesaña. Se mantuvo la base del equipo del 94 y se le agregó al brasileño Marcio Cruz.
La estrella empezó a tener dueño tras el partido en Barranquilla ante el América el 7 de junio. En un vibrante partido, con estadio lleno, el onceno de casa se impuso 3-2 y quedó solitario en el liderato.
En la última fecha le correspondía al Junior visitar al Santa Fe. Todo el plantel viajó a Bogotá acompañado de un buen número de aficionados. El Campín fue tomado por los hinchas costeños, pero Junior jugó un mal partido y perdió 3-1, pero aun así le alcanzó para alcanzar la cuarta estrella de su historia. El regreso se produjo después del partido en un vuelo charter. Fue algo apoteósico y la celebración que no se llevó a cabo en la capital de la República, a causa de la derrota, comenzó en grande cuando el avión aterrizó en Barranquilla en las primeras horas de la madrugada del 15 de junio.
2004-II
Torneo Finalización 2004
El 2004 fue un gran año para los junioristas. El equipo tenia una sequía de títulos desde 1995 cuando Atlético Junior de mano del “Pibe” Valderrama consiguió la cuarta estrella. Nueve años tuvieron que pasar, para que con este equipo conformado en su mayoría por jóvenes costeños de la cantera y conducidos por Omar Pérez, argentino de 23 años procedente de Banfield de Argentina y ex-Boca Juniors lograra celebrar de nuevo una estrella.
El campeonato se inició con una campaña regular de Junior, donde le iba mejor jugando de visitante que de local, donde acumuló 5 derrotas en todo el torneo, de visitante se mantuvo invicto durante todo el torneo hasta los cuadrangulares finales, cuando perdió esa racha de visitante en el Atanasio Girardot de Medellín, enfrentando al Independiente Medellín.
Junior se clasificó primero de su cuadrangular B al cosechar 13 puntos, producto de 3 victorias en el Metropolitano frente a Cali por 3-0, luego con Bucaramanga por 2-1 y finalmente en el juego que le dio la clasificación a la final venció por 2 goles al DIM, de visitante en el cuadrangular perdió el partido en Medellín. Ganó el partido en Bucaramanga y ya clasificado a la gran final afrontó con una nómina paralela al Deportivo Cali, ese partido terminó 1-1 ante la nómina titular de los caleños.
Para la final se venía el Atlético Nacional, que al igual que Junior se había clasificado por adelantado a la gran fiesta; en el Metropolitano ante 44.429 espectadores Junior se impuso con 3 goles ante Atlético Nacional, los goles fueron marcados por Leonardo Rojano a los 17 minutos del primer tiempo luego de un pase de Hayder Palacio. En el segundo tiempo, a los 21 minutos, ante un pase de Emerson "Piojo" Acuña, Hayder Palacio mete un zapatazo con el borde externo para vencer a Milton Patiño, luego al minuto 35 Omar Pérez cobra desde un costado un tiro libre, Cristian Racero peinó la pelota en el primer palo, y en el segundo la esperaba Peñaloza quien concretó el tercer tanto juniorista.
Para el partido de vuelta, la afición de Atlético Nacional llenó el Atanasio Girardot. Junior llegó con tres goles de ventaja y siendo el mejor visitante del torneo. Atlético Nacional no empataría la serie. Pero, en una mala tarde del arquero Luis Fernández, Nacional ganaba hasta el minuto 43 por un marcador de 5-1, para un resultado global de 5-4, pero llegó la pierna salvadora de Walter Darío Ribonetto para concretar el 5-2 y el global 5-5, con lo que el título se iría a la definición por penales.
En esa instancia, Luis Fernández se reivindicó al atajar el tiro cobrado por el ex-juniorista Juan Carlos Ramírez, y luego llegó Martín Arzuaga para embocar la pelota en el arco custodiado por Milton Patiño y empezar a celebrar el quinto título.
2010-I
Torneo Apertura 2010
Sexta Estrella
Final 2010 en Barranquilla
Para el 2010 Junior contrata a Víctor Cortés, Paulo César Arango y Román Torres para jugar la Copa Libertadores 2010. Sin embargo son eliminados de esta copa por el humilde uruguayo Racing con global de 4-2. Luego de esta eliminación temprana, Junior concentró todas sus fuerzas al Torneo Apertura, clasificando a las semifinales como tercero, eliminando al Medellín 3-2 y venciendo en la final a Equidad por el mismo marcador global. Junior obtenía así la tan esperada sexta estrella y la clasificación directa a la Copa Libertadores 2011. Carlos Bacca fue el goleador del torneo con 12 goles, los mismos que su rival en la final Carlos Rentería. Esta ha sido la mejor campaña del Junior desde que se establecieron los torneos cortos ya que obtuvo 32 puntos.
Torneo Finalización 2010
El Torneo Finalización inició y el actual campeón del fútbol colombiano trajo algunos refuerzos como Wilmer Parra Cadena, Henry Rojas, Julián Barahona y ascendió del Barranquilla F. C. a Arol Reyes, así mismo salieron del club Martín Arzuaga rumbo al Independiente Medellín y Emerson Acuña rumbo al Once Caldas. Esta es la peor campaña desde que se implantaron los torneos cortos pues Junior solo cosecho 16 puntos y no puedo acceder a los cuadrangulares semifinales siendo eliminado a falta de cuatro fechas, quedando sin oportunidad de defender el título y por lo cual se relevo de su cargo a Diego Edison Umaña.
